Το Σχολείο μας ιδρύθηκε τον Ιούνιο του 2008 και λειτούργησε για πρώτη φορά το σχολικό έτος 2008-2009.
Βρίσκεται στον περιφερειακό δρόμο της Πόλης μας και στην περιοχή που παλιά ονομαζόταν «παράγκες».Περιοχή διαμονής προσφύγων της Μ.Ασίας.
Το 4ο 6/θ Ολοήμερο Δημοτικό Σχολείο Νάξου στεγάζεται στο παλιό διδακτήριο του 3ου Δημοτικού Σχολείου. Είναι συστεγαζόμενο με το 2ο 12/θ Ολοήμερο Δημοτικό Σχολείο Νάξου αποτελώντας το μεγαλύτερο σχολικό συγκρότημα της Πόλης.
Από το σχολικό έτος 2009-2010 λειτουργεί με 7 τμήματα . Φέτος το μαθητικό του δυναμικό ανέρχεται στους 132.
Με τις συνεχείς προσπάθειες Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων, Συλλόγου Διδασκόντων και φυσικά κάθε δημοτικής αρχής διαμορφώθηκε ο προαύλιος χώρος του και κατασκευάστηκαν καινούριες και σύγχρονες w.c., ώστε να εξασφαλιστούν οι καλύτερες συνθήκες για τους μαθητές μας . Φυσικά οι προσπάθειες δε σταματούν εδώ.
Από το σχολικό έτος 2011-2012 στο Σχολείο μας λειτουργεί παιδική δανειστική Βιβλιοθήκη η οποία εμπλουτίστηκε με την αγορά πολλών παιδικών λογοτεχνικών βιβλίων από το Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων που πάντα είναι αρωγός στο εκπαιδευτικό μας έργο.